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管理部 (Administration Dept.)
对商品条码实施统一赋码，开展商品条码的统一注册和管理工作。组织、协调与管理全国商品条码、物品编码与标识工作，建立和完善有关商品条码、全球位置码等国家物品编码与标识的登记和注册管理制度，对全球位置码、自行车编码、国家动物代码等物品编码进行统一管理，注册和赋码。指导全国各编码分支机构的工作。
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推动部 (Promotion Dept.)
宣传贯彻国家有关商品条码、物品编码及自动识别工作的方针、政策，组织各类宣传、培训活动及国际组织的交流与合作，推动物品编码与标识技术在社会经济各领域的应用，树立机构品牌和国际形象。负责全球产品电子代码中国管理中心（EPCglobalChina）、中国ECR委员会（ECRChina）、全球数据同步中国注册管理中心即中国商品信息服务平台（GDSN-China）、中国物品编码中心官方网站等的日常工作。
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技术部 (Technology Dept.)
围绕物品编码与自动识别技术开展技术研究和标准制订，尤其注重对物品编码工作起支撑作用的基础研究和前瞻性研究。旨在构建、完善、实施和维护我国的物品编码体系，包括管理体系、标准体系、服务体系和支撑技术体系。组织开展物品编码、条码、二维条码、产品分类编码、数据一致性、电子商务等相关技术的研究和标准制修订工作。承担国家重大科技攻关项目、标准化科研项目以及国际合作项目。承担全国物品编码标准化技术委员会、全国物流信息管理标准化技术委员会、全国自动识别与数据采集分委员会等专业技术委员会秘书处的工作。
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质检部 (Quality Supervision Dept.)
负责条码、射频识别及物品编码自动识别检测技术研究，制修订相关国家标准及技术规范，负责国家条码质量监督检验中心、国家射频识别产品质量监督检验中心的工作。开展条码符号、条码胶片、条码设备、射频识别软硬件产品检验方法及检测设备的研究，统一组织管理我国商品条码印刷企业资格认定工作，组织实施条码相关的质量检验与市场调查、服务与技术培训等工作，对社会提供条码与射频识别技术产品的检验服务。
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成员服务部 (Member Service Dept.)
研究、建立和维护条码工作服务体系和服务规范；制订服务规划，指导、监督和管理分支机构对系统成员的服务工作；组织实施对系统成员的服务，包括培训、信息发布、咨询和技术支持等。负责《条码与信息系统》杂志的编辑出版工作。
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综合部 (Comprehensive Dept.)
具有财务、人事、办公室和后勤管理的综合职能。主要负责日常的财务管理；人事制度的制定与管理；办公室文秘等日常工作；后勤保障及服务工作等。